Outils logiciels pour la modélisation métabolique

L’équipe consacre une partie de ses efforts au développement d’une plateforme logicielle de modélisation des flux métaboliques à l’échelle de la cellule. Celle-ci a pour objectif de faciliter la reconstruction, l’exploitation et la comparaison de modèles métaboliques, et de fournir un support à l’expérimentation in silico, c’est-à-dire à la prédiction du fonctionnement métabolique d’un ou plusieurs organismes soumis à des perturbations génétiques et/ou environnementales. Elle permettra notamment de manipuler simultanément plusieurs modèles, par exemple dans le but de comparer les prédictions de croissance et de flux entre différents modèles candidats pour une espèce donnée, ou d’explorer les différences métaboliques entre bactéries proches.
La première brique logicielle développée, Cyclone, facilite le requêtage et l’exploitation des données présentes dans les bases de données métaboliques BioCyc (* Krummenacker M (2005).

Expériences in silico avec les modèles du métabolisme
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Bibliographie
[*] Krummenacker M, Paley S, Mueller L, Yan T, and Karp PD.
« Querying and Computing with BioCyc Databases. »
Bioinformatics. 2005. 21:3454-5.

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