Mycoplasma pulmonis UAB CTIP

Le génome de la souche UAB CTIP de Mycoplasma pulmonis est long de 963 879 pb avec un G+C% de 26,6%. Il a été séquencé à une profondeur de 9,8 X. Les 12 352 lectures assemblées ont été produites à partir de 4 banques différentes. La banque A (construite pour l’étude pilote) et la banque C ont été construites à partir de produits de digestion partielle du génome par l’enzyme Sau3AI : des fragments de 1 à 2 kb (banque A) et des fragments de 2 à 3 kb (banque C) ont été clonés dans le vecteur pUC18. Pour la banque R, la digestion partielle par l’enzyme Tsp509I a produit des fragments de 5-6 kb qui ont été clonés dans le vecteur pBAM3. Enfin, pour la banque B (banque de mini-BACs), des fragments Tsp509I de plus de 15 kb ont été clonés dans le vecteur pBACe3.6.

Le séquençage a été mené aux deux extrémités des inserts sur 500 clones de la banque A, 2 000 clones de la banque C, 1 500 clones de la banque B et 4 000 clones de la banque R. Pour les trois premières banques, on a utilisé des séquenceurs ABI 377 (longueur moyenne de lecture : 600 nucléotides) et retenu 4 équivalents génome pour l’assemblage ; pour la banque R, on a utilisé des séquenceurs Li-Cor 4200L (longueur moyenne de lecture : 930 nucléotides) et retenu 5,8 équivalents génome pour l’assemblage. La finition a nécessité le séquençage de plusieurs produits de PCR afin de résoudre un trou de clonage et des régions où demeuraient des incertitudes. Le lissage (obtention d’une séquence de qualité Bermudes) a requis la synthèse de 481 amorces et la réalisation de 1 144 réactions de séquençage supplémentaires. L’assemblage a été validé par une comparaison du profil de restriction théorique avec celui obtenu sur l’ADN génomique total, d’une part, et sur une sélection de clones chevauchants, d’autre part.

Contacts :
Valérie Barbe (Genoscope) - Alain Blanchard (IBVM, Inra/Université Bordeaux II)