Mycoplasma hominis PG21

Le Genoscope séquence le génome de la bactérie Mycoplasma hominis, un mycoplasme pathogène pour l’homme. Le génome de la souche type PG21 a une taille d’environ 700 kb, avec un G+C% voisin de 29%. Il sera séquencé à une profondeur d’environ 12X. Trois banques différentes sont utilisées :

• fragments de 3 kb clonés dans le vecteur pNav (nombre de copies élevé, vecteur navette entre E. coli et Acinetobacter) ;
• fragments de 10 kb clonés dans le vecteur pCNS (faible nombre de copies) ;
• fragments de 20-25 kb clonés dans le vecteur miniBAC pBeloBAC11.

A partir de ces trois banques seront séquencés 5 000, 1 500 et 1 000 clones, respectivement (lectures aux deux extrémités des inserts). Les lectures des clones miniBAC seront précieuses lors de la phase d’assemblage (présence d’éléments répétés de 300-500 pb), et au niveau des 3 régions hypervariables dispersées dans le génome (gènes codant pour les antigènes de surface). On dispose par ailleurs d’une carte génétique de M. hominis PG21 où une vingtaine de loci sont ordonnés.

Une étape de finition manuelle sera effectuée au Genoscope.

Contacts :
Valérie Barbe (Genoscope) - Cécile M. Bébéar (Université Bordeaux II)