Modélisation globale d’un métabolisme bactérien

Les travaux expérimentaux entrepris au Genoscope dans le cadre du projet Thesaurus métabolique offrent un contexte particulièrement favorable à la modélisation globale du métabolisme de la bactérie Acinetobacter baylyi. La reconstruction d’une première version du modèle à partir de l’annotation génomique a nécessité le développement d’outils d’extraction des données métaboliques depuis la base de données BioCyc [* M. Krummenacker & al. (2005)] ainsi qu’un important travail de curation. L’exactitude du modèle a été évaluée à la fois qualitativement, par comparaison à un ensemble de données phénotypiques de mutants, et quantitativement, par une série d’expérience de croissance suivie d’A. baylyi. Les conflits identifiés entre prédictions et données expérimentales ont été exploités systématiquement pour raffiner le modèle. Deux cycles de reconstruction/vérification de cohérence l’ont conduit à l’état actuel de 638 réactions, impliquant 563 métabolites, 710 gènes et réparties en 7 catégories fonctionnelles. Ce modèle a vocation à aider au travail d’élucidation du métabolisme d’A. baylyi, ainsi qu’à l’interprétation de nouvelles données expérimentales générées dans le cadre du projet Thesaurus métabolique. Sa complétude, sa précision et ses capacités prédictives continuent d’évoluer au rythme de ce projet.

Réseau métabolique reconstruit d’Acinetobacter baylyi
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Bibliographie :
[*] M. Krummenacker, S. Paley, L. Mueller, T. Yan, and P.D. Karp.
« Querying and Computing with BioCyc Databases. »
Bioinformatics. 2005. 21:3454-5.

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