Methylobacterium extorquens DM4

Genoscope entreprend le séquençage du génome complet de la souche de Methylobacterium extorquens DM4*, estimé à 7 Mb (estimation sur la base de la souche modèle AM1).
Le génome sera séquencé à une profondeur de 12X à partir de trois banques :

• une banque d’inserts de 3 kb clonés dans le vecteur plasmidique multicopie pcdna2.1,
• une banque de 10 kb dans le vecteur plasmidique pCNS (faible nombre de copie)
• et une banque de miniBAC (inserts 30kb) dans le vecteur pBBC (dérivé de pBeloBAC11).

Le shotgun devrait aboutir à environ 120 000 lectures. Une étape de finition permettra d’augmenter la qualité des séquences obtenues.

*Initialement dénommée Methylobacterium dichloromethanicum, la souche séquencée s’est avérée appartenir à l’espèce Methylobacterium extorquens.

Contacts :
Valérie Barbe (Genoscope) - Stéphane Vuilleumier (CNRS-UdS)