Marine cytophagales

Des cultures pures, bien caractérisées et d’un maintien aisé sont disponibles. Ci-dessous, quelques détails sont donnés sur les souches proposées au séquençage :

Zobellia galactonivorans :

La souche DsijT de Zobellia galactonivorans a été isolée à partir de fragments de l’algue rouge Delesseria sanguinea. DsijT montre une croissance étalée sur agar, formant des colonies jaunes-oranges d’1 mm de diamètre en 3 jours à 20°C.
La souche DsijT est strictement aérobie, nécessite de l’eau de mer, est une bactérie chimio-organotrophe et hétérotrophe, avec un métabolisme oxydatif qui utilise l’oxygène en tant qu’accepteur d’électron. Le nitrate peut également être utilisé comme accepteur d’électron. La souche DsijT synthétise de la flexirubine et est capable de dégrader des substrats protéiques aussi bien que des polysaccharides comme l’agar, les carraghénanes kappa et iota, l’amidon et la gélatine. Elle ne présente pas d’activité de dégradation de la chitine ou de la cellulose, que ce soit sur substrat sur solide (papier) ou sur cellulose amorphe (CMC).
Par cytométrie de flux, la taille du génome a été estimée à environ 4,1 Mb. La séquence de l’ARNr 16S de la souche DsijT est proche de celle de Zobellia [Cytophaga] uliginosa, avec un pourcentage d’identité de 99,5 %, ces deux bactéries formant deux branches distinctes de la famille des Flavobacteriaceae.

Salinibacter ruber M8 :

Salinibacter ruber est une bactérie hyperhalophile Gram négative hétérotrophe qui partage son habitat avec les Archées halophile et leur ressemble par de nombreux traits comme la nécessité d’une concentration saline élevée, la pigmentation rouge, des concentrations intracellulaires en KCl très élevées et des enzymes fonctionnant à des concentrations salines élevées.
Par ailleurs, les protéines de Salinibacter présentent les traits caractéristiques des protéines halophiles comme un grand excès d’acides aminés acides, une faible proportion d’acides aminés hydrophobes et un contenu en sérine important.