Marine cytophagales

Le cluster des Cytophaga-Flavobacteria (nommé Cytophagales par la suite) représente un important sous-groupe des Bacteroidetes, une lignée de bactéries précédemment connue sous le nom de phylum des Cytophaga-Flavobacteria-Bacteroides (CFB). Les Cytophagales sont principalement des chimio-organo-hétérotrophes aérobies spécialisés dans la dégradation des polymères. Des études par FISH (Llobet-Brossa et al., 1998 ; Rossello-Mora et al., 1999 ; Glockner et al., 1999 ; Simon et al., 1999  ; Eilers et al., 2001) ont montré l’abondance des Cytophagales dans les systèmes marins. Des études sur l’écologie de ce groupe sont en cours (Jürgens et al., 1999 ; Rossello-Mora et al., 1999 ; Zubkov et al., 2001), plusieurs cultures pures ayant été isolées dans la mer du Nord (Eilers et al., 2001).

Alors que les Bacteroides et les bactéries apparentées sont principalement étudiés par des microbiologistes en milieu médical, l’intérêt des Cytophagales est beaucoup plus diversifié (pour de plus amples détails, voir Reichenbach, The Prokaryotes 1991) :

• Pour les biotechnologistes, elles sont des producteurs d’exopolysaccharides (EPS) et de nombreuses enzymes particulières utilisées dans les applications techniques, comme les protéases, les glycosyl-hydrolases et les transférases. Plus de 20 % des 270 souches testées produisent des métabolites secondaires intéressants comme les beta-lactames.

• Les microbiologistes reconnaissent de plus en plus le rôle central des Cytophagales, en tant que minéralisateurs du carbone organique, dans le cycle global du carbone. Elles sont, par exemple, un constituant important de la « neige marine » dans laquelle elles digèrent des particules de matière organique qui autrement sédimenteraient sur le plancher océanique et séquestrent le carbone atmosphérique. Comme susmentionné, elles représentent également une part importante des formes libres du plancton bactérien à la fois dans les océans et les lacs. De plus, elles représentent une fraction importante de la vie microbienne anaérobie benthique, catalysant probablement les processus fermentaires primaires dans la diagenèse des sédiments.

• Du point de vue taxonomique, il doit être noté que le phylum des CFB est aussi divers que celui des Protéobactéries. Cela fut une grande surprise quand, dans le milieu des années 1980, l’analyse comparative des ARNr 16S a affilié les Cytophagales aérobies au genre anaérobie Bacteroides. Des études de génomique comparative entre les génomes de Bacteroides publiés et les bactéries proposées comme Cytophagales ont éclairé d’un jour nouveau cet aspect phylogénétique. De plus, Salinibacter spp. représente le premier membre halophile extrême du phylum. Les analyses phylogénétiques basées sur les ARNr 16S ont révélé que ces espèces s’enracinent en position basale dans le phylum et pourraient partager certaines caractéristiques avec le groupe frère des Chlorobi.

• Enfin, bien qu’elles n’aient qu’une faible importance dans le cadre de la santé humaine, les Cytophagales ont aussi suscité des inquiétudes en matière de détérioration des aliments et de pathogénicité pour les poissons.