Leptosphaeria maculans

Le Genoscope séquence une région péricentromérique d’un chromosome du champignon phytopathogène Leptosphaeria maculans. Cette région abrite un cluster de trois gènes d’avirulence AvrLm1-AvrLm2-AvrLm6. En 2000, un premier projet, en collaboration avec l’unité PMDV de l’INRA, avait porté sur un contig de 3 BACs localisé en 5’ du cluster chez la souche JN3. Ces clones provenaient d’une banque de BAC de 24 X (fragments de digestion partielle HindIII et NdeII clonés dans pBeloBAC11) construite par A. Billault en collaboration avec l’INRA. L’assemblage a produit une séquence de 184 kb qui a permis de mieux comprendre l’architecture particulière de cette région : ces 184 kb sont presque entièrement constitués d’éléments répétés dégénérés, à l’exception d’un îlot de 32 kb qui contient 11 ORFs.

La marche chromosomique a repris en 3’ de cette région, dans le but de cloner les gènes Avr. Un contig de 13 nouveaux BACs, couvrant environ 720 kb, a pu être obtenu chez la souche JN3 ; il manque toutefois une région d’environ 80 kb, en cours de comblement. Le Genoscope a entrepris de séquencer ces clones en 2003 à une profondeur moyenne de 19 X, et devrait finaliser la région manquante en 2004. Parallèlement, le Genoscope séquence 2 contigs de 8 et 6 BACs, sélectionnés dans les zones riches en GC% de cette même région péricentromérique, chez les deux souches NZ-T et v29 virulentes au locus avrLm1. Les BAC séquencés couvrent 345 kb chez NZ-T, et 410 kb chez v29.