Le projet Génome humain

1 : Qu’est-ce que le projet public de séquençage du génome humain ?
2 : Le génome humain est-il complètement séquencé à présent ?
3 : Combien y a-t-il de gènes humains ?
4 : Pourquoi est-ce difficile de trouver les gènes dans la séquence du génome humain ?
5 : De qui provient l’ADN humain qui a été séquencé ?
6 : Le génome humain est-il « libre de droits » ? Si non, qui le possède ?
7 : Pourquoi le projet Génome humain ? A quoi servira-t-il ?
8 : Qui étaient les membres du consortium international ? Quelle a été la part de chacun ?
9 : Quelle a été la contribution française au projet Génome humain ?
10 : Combien a coûté le projet Génome humain ?
11 : Avec la fin du projet Génome humain, les grands centres de séquençage ont-ils encore une utilité ?

Le consortium international pour le séquençage du génome humain réunissait 20 centres de séquençage dans six pays (Allemagne, Chine, Etats-Unis, France, Japon, Royaume-Uni). En voici la liste :

Abbréviation	Centre
BCM	Human Genome Sequencing Center / Baylor College of Medicine, Houston (Texas) ; USA
Beijing	Human Genome Center / Beijing Genomics Institute, Académie chinoise des sciences, Beijing ; Chine
CSHL	Lita Annenberg Hazen Genome Center / Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor (N.Y.), USA
GBF	Gesellschaft fur Biotechnologische Forschung mbH, Braunschweig ; Allemagne
GS	Genoscope, Evry ; France
GTC	GTC Sequencing Center / Genome Therapeutics Corp., Waltham (Mass.) ; USA
IMB	Department of Genome Analysis / Institute of Molecular Biotechnology, Jena ; Allemagne
JGI	Joint Genome Institute / U.S. Department of Energy, Walnut Creek (Calif.) ; USA
Keio	Département de biologie moléculaire / Ecole de médecine de l’université Keio, Tokyo ; Japon
MPIMG	Max Planck Institute for Molecular Genetics, Berlin ; Allemagne
MSC	Multimegabase Sequencing Center / The Institute for Systems Biology, Seattle (Wash.) ; USA
RIKEN	RIKEN Genomic Sciences Center, Yokohama ; Japon
SC	The Wellcome Trust Sanger Institute (Sanger Center), Hinxton ; Royaume-Uni
SGTC	Stanford Genome Technology Center, Stanford (Calif.) ; USA
SHGC	Stanford Human Genome Center, Stanford (Calif.) ; USA
UOACGT	University of Oklahoma / Advanced Center for Genome Technology, Norman (Okla.), USA
UTSW	University of Texas / Southwestern Medical Center, Dallas (Tex.) ; USA (ce centre n’est plus en activité)
UWGC	University of Washington Genome Center, Seattle (Wash.) ; USA
WI	Whitehead Institute / MIT Center for Genome Research, Cambridge (Mass.) ; USA
WUGSC	Washington University / Genome Sequencing Center, St Louis (Mo.) ; USA

D’autres institutions et centres de séquençage, sans faire officiellement partie du consortium, ont également contribué de façon substantielle à l’effort de séquençage du génome humain. Voici quelques uns des plus importants contributeurs :

CGM	Center for Genetics in Medicine (Perkin Elmer/Washinton Univ.) St Louis (Mo.) ; USA (ce centre n’est plus en activité)
JST	Japan Science and Technology Corporation (équipes sous contrat à la fondation japonaise pour la recherche sur le cancer (JFCR) et aux universités Keio, Kitasato et Tokai) ; Japon
TIGR	The Institute for Genomic Research, Rockville (Maryland) ; USA
YMGC	The National Yang Ming University Genome Center, Taipei ; Taiwan

Enfin, trois institutions ont joué un rôle crucial dans le projet au niveau bioinformatique :

NCBI	Center for Biotechnology Information aux National Institutes of Health, USA
EBI	European Bioinformatics Institute, Cambridge, UK
UCSC	Université de Californie à Santa Cruz, USA

L’EBI a notamment créé, avec son voisin le Sanger Institute, le projet Ensembl (e !), qui effectue une recherche automatique des gènes dans la séquence du génome humain et permet de « naviguer » le long de cette séquence « annotée ». L’UCSC propose également un tel navigateur.

Les différents centres impliqués dans le séquençage du génome humain ont retenu des chromosomes ou des régions chromosomiques de tailles différentes, chacun selon sa capacité. Leurs contributions respectives (mesurées en pourcentage de la séquence finie non redondante présente dans les bases de données début 2003) sont représentées ci-dessous :

Sur le plan international, les contributions des 6 pays impliqués dans le projet sont les suivantes :

pays	Contribution
Etats-Unis	60,8 %
Royaume-Uni	28,9 %
Japon	4,9 %
France	2,8 %
Allemagne	1,5 %
Chine	0,7 %

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mise à jour le 15 janvier 2008