Eisenia fetida

L’émergence des techniques de biologie moléculaire appliquées à l’écotoxicologie a permis de mieux appréhender ces dernières années les mécanismes d’action des contaminants sur les organismes vivants (Stürzenbaum et al., 2003 ; Timmermans et al., 2007). L’analyse de l’expression génique est un outil puissant, 1- pour diagnostiquer l’existence d’un stress dans une population et 2- pour analyser les mécanismes de réponse à un stress (voir Robbens et al., 2007 ; Brulle et al., 2010).

Auteur : C. Cocquerelle

Eisenia fetida

Des travaux récents (Brulle et al., 2006 ; 2007 ; 2008a), nous ont permis d’identifier et de mesurer l’expression génique de 14 biomarqueurs potentiels chez Eisenia fetida après une exposition in vivo au cadmium dans un sol artificiel. Les effecteurs ont été choisis parmi des protéines très conservées pour lesquelles les variations (en terme de quantité de protéines et/ou d’expression) suivant une exposition métallique ont été rapportées dans la littérature. L’expression a été mesurée dans les cœlomocytes (cellules immunitaires circulantes) car la majorité des effecteurs sélectionnés sont connus pour être impliqués dans des mécanismes de défense. Nous avons également entrepris une approche « globale » en réalisant des banques soustractives (Brulle et al., 2008b), dans le but d’identifier des gènes dont l’expression varie suite à une exposition à un mélange complexe d’ETMs. Dans un premier effort de séquençage, 1536 séquences ont été analysées et annotées. Outre l’enrichissement des bases de données nucléotidiques d’Eisenia fetida via l’obtention de 764 séquences uniques, ce premier travail nous a permis d’identifier deux nouveaux biomarqueurs potentiels aux ETMs.

Un projet de séquençage de 20 000 séquences supplémentaires a été proposé par F. Vandenbulcke et réalisé par le Genoscope. Les données de séquençage ont été analysées et annotées par la suite en collaboration avec le Professeur Mark Blaxter (Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh. Quelques 5 000 séquences uniques ont été obtenues (lien).

Ces 4000 séquences uniques issues de banques soustractives « métalliques » constituent un premier ensemble de sondes qui seront déposées sur une « puce » à ADN afin de disposer d’un outil de mesure de l’expression génique adapté à l’étude de l’impact de tout type de stress environnemental sur une espèce test.

Bibliographie

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