Electrophorèse
Procédé permettant de séparer des molécules (d’ADN dans
le cas du séquençage) selon leur taille. Le coeur du dispositif
est un gel — un réseau qui emprisonne de l’eau en polymérisant,
et au travers duquel les molécules se faufilent sous l’effet
d’un champ électrique. Les petites molécules migrent plus
vite que les grosses, qui sont freinées. On sait séparer ainsi
des molécules d’ADN dont la longueur ne diffère que d’un
seul nucléotide.
Enzymes de restriction
Enzymes capables de couper les molécules d’ADN au
niveau de séquences précises. Il en existe plus de 400, qui
reconnaissent des séquences de 4 à 8 bases de long. Les
séquences les plus longues sont les plus rares dans le génome,
et permettent donc de couper ce dernier en grands fragments.
On se sert aussi des enzymes de restriction pour établir
des profils de coupure des grands fragments (fingerprint).
La comparaison des profils permet de repérer les fragments
chevauchants.
Exon
La plupart des gènes des animaux et des plantes sont morcelés.
Les parties biologiquement significatives, les exons,
sont séparées par des séquences intercalaires sans signification,
les introns, qui sont éliminées dans l’ARN messager. Le
repérage des frontières des exons est l’un des problèmes
majeurs de l’annotation.
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