Leptopilina boulardi Filamentous Virus

Le projet comporte deux aspects : un aspect génomique et un aspect transcriptomique.

La partie génomique a pour objectif d’obtenir le génome complet du virus LbFV. A partir d’une purification partielle de virus, une amplification sera realisée par WGA. Cette librairie sera séquencée avec la technologie 454-FLX (1/6), ce qui devrait donner une profondeur de l’ordre de 100x et une couverture de 100%.

La partie transcriptomique sera constituée d’une banque de cDNA normalisée, afin de générer une image du transcriptome de L. boulardi la plus exhaustive possible, et quatre banques de cDNA non-normalisées (tête+thorax, abdomen, infecté ou non infecté). La banque normalisée sera séquencée en utilisant la technologie 454-Titanium (1/4 ou ½ run) et devrait générer une profondeur de l’ordre de 2 à 3. Les quatre banques non normalisées seront séquencées par Solexa (1 piste chacune) ou Solid Applied Biosystem (avec un nombre de séquences équivalent). Les courtes séquences de 75 pb générées par Solexa ou Solid seront identifiées à des gènes sur la base des données récoltées par la banque normalisée mais également en utilisant les bases de données publiques (prédictions de gènes à partir des génomes des espèces phylogénétiquement les plus proches : Nasonia, Apis).

Contacts : Julie Poulain (Genoscope) - Julien Varaldi (Université Claude Bernard Lyon 1)