Frankia alni ACN14a

Le séquençage du génome de Frankia alni est terminé. La taille de ce génome est de 7 497 934 pb et contient 72,8% de bases G et C. Le séquençage de ce génome au Genoscope a été réalisé à partir de trois banques d’ADN de la souche ACN14a : une banque de 50 000 inserts de 3 kb clonés dans le vecteur pCDNA2.1 (haut nombre de copies) ; une banque de 10 000 inserts de 10 kb clonés dans le vecteur pCNS (bas nombre de copies) ; enfin, une banque de 5 000 clones BAC, avec des inserts d’une taille moyenne de 120 kb dont les extrémités ont été séquencées. Les deux premières banques ont été construites au Genoscope à partir d’ADN extrait d’une culture pure de Frankia fournie par le centre d’écologie microbienne de Lyon.

La banque de BAC, quant à elle, a été construite par les groupes de Beth Mullin à l’université du Tennesse et de Jeffrey Tomkins à l’université Clemson. Les liens-clones vérifiés par les 5 000 paires de séquences d’extrémités de cette banque BAC ont été utilisés durant la phase d’assemblage, afin de valider la structure du ou des superconting(s) obtenu(s). La quantité totale de séquence produite a permi d’atteindre une profondeur de 10X (7X pour la première banque, 2X pour la deuxièe et 1X pour les séquences d’extrémités de BAC). La finition de ce génome a été réalisée au Genoscope.

L’annotation de la séquence génomique de Frankia alni a été réalisée sur la plate-forme d’annotation de l’AGC (Atelier de Génomique Comparative). L’interface graphique d’annotation MaGe (base thématique FrankiaScope) permet de visualiser les résulats de l’annotation automatique (courbes de probabilité de codage) avec les choix de l’annotateur et les données de synténie.

Contacts :
Nathalie Choisne (Genoscope) - Philippe Normand (UMR CNRS 5557)