Flavobacterium branchiophilum

Séquençage aléatoire global

Projet: Collaboratif
Etat du projet: Fini

Appréhender les mécanismes moléculaires de virulence d’une bactérie pathogène des poissons

Collaborations :

Equipe Infection et Immunité des poissons
Unité Virologie et Immunologie Moléculaire
INRA, Jouy-en Josas, France

En savoir plus :

Bernardet, J.-F. & Bowman, J. P. The Genus Flavobacterium. in The Prokaryotes, a Handbook on the biology of bacteria, Edn. 3 , Vol. 7 (eds. Dworkin, M. et al.) Springer-Verlag, New York, 2006, pp. 481-531).
Bernardet, J.-F. & Nakagawa, Y. An introduction to the family Flavobacteriaceae. in The Prokaryotes : a Handbook on the biology of bacteria, Edn. 3 , Vol. 7 (eds. Dworkin, M. et al.) (Springer-Verlag, New York, 2006, pp. 455-480).
Duchaud E., Boussaha M., Loux V., Bernardet J-F., Michel C., Kerouault B., Mondot S., Nicolas P., Bossy R., Caron C., Bessières P., Gibrat J-F., Claverol S., Dumetz F., Le Hénaff M. & Benmansour A. Complete genome sequence of the fish pathogen Flavobacterium psychrophilum. Accepté pour publication.
Kimura, N., Wakabayashi H. & Kudo S.. 1978. Studies on bacterial gill disease in salmonids I. Selection of bacterium transmitting gill disease. Fish pathol., vol. 12, pp. 233-242 (in Japanese with English abstract).
Wakabayashi, H., and T. Iwado. 1985. Effects of a bacterial gill disease on the respiratory functions of juvenile rainbow trout. In : A. E. Ellis (ed.), Fish and Shellfish Pathology. Academic Press Inc. Ltd., London, UK, pp. 153-160.
Wakabayashi H., G. J. Huh, and N. Kimura. 1989. Flavobacterium branchiophila sp.nov., a causative agent of bacterial gill disease of freshwater fishes. Int. J. Syst. Bacteriol., vol. 39, pp. 213-216.

L’équipe Infection et Immunité des poissons de l’Unité Virologie et Immunologie Moléculaire de l’INRA de Jouy-en Josas étudie les bactéries pathogènes du genre Flavobacterium depuis la détection des premières souches apparues en Europe dans les années 1980. Son travail a notamment abouti à la refonte complète du genre (Bernardet, J.-F. & Bowman ) et à la description de la famille des Flavobacteriaceae (Bernardet J.-F. & Nakagawa Y.). Elle a développé des méthodes de typages moléculaires, standardisé des techniques de culture et des méthodes d’infection expérimentale chez la truite arc-en-ciel.

Le séquençage du génome complet de la souche FL15 de F. branchiophilum devrait permettre de préciser les mécanismes moléculaires impliqués dans la virulence, en particulier les activités protéolytiques, hémolytiques et d’adhésion. Un programme de génomique comparative incluant les génomes de F. psychrophilum, F. columnare et de la bactérie environnementale F. johnsoniae doit permettre de caractériser le génome central et de préciser le génome accessoire portant les déterminants de virulence recherchés.

Dans ce cadre, le Genoscope entreprend le séquençage du génome complet Flavobacterium branchiophilum, pathogène responsable de la « maladie des branchies » qui affecte principalement les salmonidés.

La taille du génome de F. branchiophilum est estimée à 2,8 Mb. Le génome sera séquencé par la méthode de shotgun à partir de deux banques plasmidiques - inserts de 5 kb et 10 kb respectivement clonés dans les plamides multi copies pcdna2.1 et à faible nombre de copies pCNS - et d’une banque de fosmides (inserts de 40 kb dans pCC1Fos).

Le séquençage des deux extrémités d’environ 18 500 clones de la banque plasmidique petits inserts, 6 000 clones de la banque plasmidique grands inserts et 3 000 clones de la banque fosmidique devrait aboutir à un volume de 55 000 lectures offrant une couverture de 12 équivalents génome.

Le shotgun sera suivi d’une étape d’assemblage puis de finition de la séquence selon les critères de qualité en vigueur au Genoscope.

Contacts : Valérie Barbe (Genoscope) - Eric Duchaud (INRA)

mise à jour le 19 mai 2009

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