Flavobacterium

Ce projet a pour but la description des dynamiques évolutives d’un genre bactérien grâce à la production d’une grande quantité de données qui serviront à des études quantitatives de phylogénie et de génétique des populations.

La richesse taxonomique du genre rend possible l’échantillonage taxonomique très dense nécessaire à une étude fine des processus d’évolution. De plus, certaines espèces sont apparemment bien délimitées, comme par exemple F. psychrophilum, tandis que d’autres sont hétérogènes et plus difficiles à cerner, c’est par exemple le cas de F. johnsoniae. La notion d’espèce recouvre donc dans ce genre une variété de situations qui rend l’analyse encore plus intéressante.

Le projet consiste à analyser 100 locus, d’une longueur individuelle moyenne d’environ 600 paires de bases, appartenant au génome central conservé dans la famille des Flavobacteriaceae. Chaque locus est séquencé dans une centaine d’isolats comprenant notamment les différentes espèces décrites ainsi que des souches de Flavobacterium non identifiées. Les séquences sont obtenues par la méthode de Sanger à partir de produits de PCR spécifiques de chaque locus. La sélection des locus et des amorces de PCR repose sur les séquences des génomes complets disponibles pour le genre et pour la famille.

Contacts : Corinne Cruaud (Genoscope) - Pierre Nicolas (INRA)