Crassostrea gigas

La collection de données d’expression générées dans le cadre de ce programme de séquençage d’EST constituera une source unique pour :

• caractériser de manière plus directe des gènes d’intérêt pour l’étude des principales fonctions physiologiques (croissance, reproduction et développement, immunité) et générer des marqueurs moléculaires fonctionnels. Ces marqueurs pourront contribuer à des programmes d’amélioration de l’espèce par sélection génétique.
• des analyses phylogénétiques en comparant les séquences générées avec celles de gènes orthologues d’autres mollusques, d’autres Lophotrochozoaires ou d’autres animaux bilatériens.
• compléter une puce à ADN actuellement constituée de 9059 séquences uniques. La puce ainsi complétée, plus représentative du transcriptome de l’huître, sera très utile dans le cadre de programmes en cours visant à analyser les variations globales d’expression transcriptionnelle. Ces investigations devraient générer une représentation intégrée des réseaux de gènes activés dans le cadre de contraintes écophysiologiques (en milieu contrôlé ou dans l’écosystème) mais aussi permettre l’identification de réseaux de gènes associés à des processus physiologiques importants.
• identifier des SNPs dans le cadre d’études génétiques de populations expérimentales ou sauvages et pour la cartographie génétique.
• l’identification des séquences étiquettes produites par SAGE.
• soutenir le projet de séquençage complet du génome porté par un consortium international.

Dans ce cadre, le Genoscope entreprend le séquençage d’environ 30 000 EST sur des banques normalisées issues de différents organes de Crassostrea gigas :

• Gonades : 10 000 EST
• Hémocytes : 10 000 EST
• Différents stades de développement : 10 000 EST

Des lectures simples en 5’ seront effectuées. En fonction des résultats obtenus, le volume de séquences pourra être porté à 100 000 lectures.

Contacts : Patrick Wincker (Genoscope) - Pascal Favrel (Université de Caen)