Comment soumettre un projet de séquençage ?

APPEL A PROPOSITIONS 2012
« Grands Projets de Séquençage »

France Génomique [1] a une mission de service auprès de la communauté scientifique dans le domaine de la génomique. Cette mission comporte notamment l’établissement de séquences de référence de génomes présentant un intérêt particulier pour la recherche fondamentale ou appliquée, ainsi que l’utilisation de méthodes de séquençage à haut débit requises dans des approches pouvant être notamment comparatives, ou fonctionnelles dans les domaines de la génomique humaine ou environnementale ou de la métagénomique.

Dans le cadre de cette mission, France Génomique consacrera une partie importante de sa capacité de séquençage, et des expertises associées, à la réalisation de quelques grands projets ambitieux. Ces projets seront soumis par des laboratoires de la Recherche Publique (CNRS, INSERM, INRA, CEA, CIRAD, IRD, Laboratoires Universitaires, Fondations…), et seront réalisés par la plateforme de l’Institut de Génomique du CEA (Genoscope et CNG). Les projets peuvent également impliquer des laboratoires partenaires étrangers, notamment européens. Les coûts de fonctionnement de ces projets pourraient être pris en charge par France Génomique en partie ou en totalité.

Ces projets seront développés en collaboration avec l’IG dans le cadre d’une convention écrite. En fonction des technologies disponibles (Sanger, 454 GSFLX+, Ion Torrents, Illumina HiSeq), l’IG proposera aux collaborateurs la stratégie qui lui paraît la plus appropriée à la réalisation des projets. Les partenaires (collaborateurs et IG) définiront ensemble les conditions pratiques de déroulement du travail expérimental. Les données résultant de cette collaboration seront détenues conjointement par les partenaires qui conviendront des modalités de diffusion et d’éventuelle prise de protection intellectuelle, en accord avec les instances de tutelle et les usages en vigueur dans la communauté scientifique. En particulier, les données seront mises dans le domaine public. Les séquences assemblées seront soumises dans les banques de données publiques 180 jours après avoir été fournies par l’IG aux collaborateurs, conformément aux règles internationales.

Les projets doivent porter sur le séquençage de novo de grands génomes complets, le séquençage d’un nombre élevé d’individus d’espèces dont le génome de référence est connu, et plus généralement de collections d’ADN nécessitant une approche de séquençage à très grande échelle (par exemple plusieurs dizaines de flow cells Illumina Hiseq) provenant d’organismes présentant un intérêt majeur sur le plan scientifique, médical ou économique. Des projets impliquant des populations d’organismes (métagénome, diversité biologique), projets de génomique environnementale et génomique des populations sont encouragés.

Les projets de taille modeste, pouvant être financés et réalisés par d’autres moyens, ne seront pas pris en considération dans cet Appel à Propositions. Ils feront l’objet d’un appel à propositions séparé en co-financement avec le laboratoire demandeur.

Modalités d’évaluation : L’évaluation est faite par le Comité Scientifique de France Génomique
Les décisions seront annoncées en décembre 2012

Les projets seront évalués en fonction de :

• leur intérêt scientifique ;
• leur degré de faisabilité ;
• leur impact sur la communauté scientifique nationale et internationale ; le contexte international ;
• la capacité des proposants à obtenir rapidement le matériel biologique nécessaire ;
• l’aptitude des proposants à s’investir dans l’analyse bioinformatique ;
• la capacité des proposants à utiliser et publier les résultats du séquençage ;

Soumission en ligne : Les projets sont à soumettre en anglais sur le site  : http://www.ibisa.net/france-genomique.php

Date limite DE SOUMISSION : 30 septembre 2012 - MINUIT