Hemileia vastatrix

Dans le cadre de ce projet, un ensemble de 4 demi-runs de séquençage suivant la technologie 454 GSFlex Titanium (Roche) va être réalisé sur les deux pathosystèmes. Il s’agit, dans le cadre de ce projet, de séquencer des ESTs à partir de de transcrits foliaires et contenant donc en mélange des transcrits fongiques et des transcrits de plantes.

Un premier jeu de deux demi-runs de pyroséquençage correspondra à deux lots de tissus foliaires de peuplier infectés par M. larici-populina (développement de la maladie et mise en place d’une résistance hôte spécifique à des temps précoces d’interaction). Un second jeu de deux demi-runs de pyroséquençage 454 correspondra à deux lots de tissus foliaires de caféier infectés par H. vastatrix. Un demi-run de pyroséquençage correspondra à des tissus foliaires fortement infectés à un stade tardif pour identifier un maximum de transcrits fongiques (sous-ensemble financé par l’IRD, séquences privées). Un autre demi-run sera réalisé sur les autres échantillons (structures infectieuses in vitro et in vivo).

L’assemblage des séquences 454 sera réalisé par le Genoscope et l’analyse bioinformatique des données de séquençage sera réalisée par l’équipe Ecogénomique des Interactions Biotrophes de l’UMR 1136 IAM du Centre INRA de Nancy.

Concernant le séquençage de tissus mixtes Populus/Melampsora, les transcrits de plante et de champignon seront identifiés en se basant sur les génomes et les catalogues de gènes prédits chez les deux organismes en utilisant les outils à disposition. Une comparaison aux bases de données internationales nr, Swissprot, KOG et GO permettra d’affiner l’attribution de fonctions putatives aux séquences.

Concernant le séquençage de tissus mixtes Coffea/Hemileia, les transcrits de plante et de champignon seront retrouvés en comparant les séquences aux génomes et aux catalogues de gènes prédits chez les plantes (notamment Populus, Vitis et Arabidopsis) et les champignons (Puccinia, Melampsora et d’autres basidiomycètes) à disposition dans les bases de données internationales. Les séquences non attribuées à la plante ou au champignon seront analysées plus en détail (%GC, usage des codons, fréquences des di/tri-nucléotides…) pour rechercher des biais systématiques pour l’attribution à l’un ou à l’autre des organismes concernés. Une comparaison aux bases de données nr, Swissprot, KOG et GO permettra d’affiner l’attribution de fonctions putatives aux séquences.

Enfin, un pipeline pour la prédiction de séquences de petites protéines sécrétées sera utilisé sur les jeux de séquences fongiques de M. larici-populina et d’H. vastatrix pour identifier des effecteurs fongiques potentiels chez ces deux rouilles de plantes pérennes.

Contacts : Julie Poulain (Genoscope) - Sébastien Duplessis (INRA) - Diana Fernandez (IRD)