Brachiola algerae

La microsporidie Brachiola algerae, dont la taille du génome est estimée à 10 Mb, peut être produite en culture cellulaire. Aussi, en s’appuyant sur l’expérience et la réussite du projet de séquençage du génome complet d’E. cuniculi, une stratégie similaire est proposée :

• Production des parasites en culture cellulaire sur cellules fibroblastiques humaines (HFF) ;
• Purification des formes de résistances (spores) ;
• Elimination des contaminants d’ADN des cellules-hôtes par traitement DNAse (la paroi sporale protège l’ADN du parasite) ;
• Purification de l’ADN parasitaire (utilisation des propriétés naturelles de dévagination de l’appareil d’invasion permettant le relargage de l’ADN du parasite) ;
• Construction de deux banques plasmidiques (inserts 3 et 10 kb respectivement) et d’une banque miniBAC (inserts d’environ 25 kb) ;
• Séquençage des clones recombinants (7-8 équivalents génome) ;
• Assemblage ;
• Finition (séquençage des régions de mauvaise qualité ou avec une couverture insuffisante ainsi que les régions manquantes) ;
• Validation de l’assemblage final par analyse utilisant des endonucléases de restriction sur les ADN miniBAC ;
• Annotation.

Contacts :
Michael Katinka (Genoscope) - Valérie Barbe (Genoscope) - Pierre Peyret