Botrytis cinerea

Botrytis cinerea est un champignon haploïde pathogène de la vigne. L’objectif du projet est de réaliser un séquençage 10x en « shotgun » du génome de B. cinerea (30 Mb) et de 5 000 ADNc pleine longueur issus de conditions physiologiques distinctes (spores germantes formant des appressoria, mycélium, spores). Le volume de séquençage prévu est d’environ 60 0000 lectures.

L’assemblage sera facilité par l’existence d’une collection de 9 800 séquences d’extrémités de BACs et d’une carte génétique en cours de développement.

L’annotation sera réalisée par l’URGI à l’aide de :

• la prédiction automatique de gènes
• la recherche d’orthologues, en particulier fongiques
• l’annotation manuelle par un consortium international

Contacts :
Patrick Wincker (Genoscope) - Marc-Henri Lebrun (bayercropscience.com)