Analyse des profils métaboliques

Le regroupement de mutants dans un même contexte métabolique peut aussi s’effectuer à partir de leur profil métabolique (1). Dans le cadre de cette étude, nous ne cherchons pas à identifier les métabolites mais nous essayons plutôt de produire des profils caractéristiques des mutants en LC/MS (2).
Ces données doivent permettre de regrouper, dans un même contexte métabolique, les mutants présentants des profils similaires entre eux mais différents de celui de la souche sauvage, (i.e. voies métaboliques).
Cette première analyse, sera dans certains cas poursuivie en caractérisant plus finement les métabolites qui discrimine le sauvage du mutant. L’obtention de la masse exacte de ces métabolites de petite taille devrait permettre d’avoir accès à un nombre réduit de formules brutes possibles. L’utilisation de spectrométrie de masse en tandem (LC/MS/MS (3)) devrait nous donner accès à des informations structurales sur le composé d’intérêt.
 

  Profils LC/MS des métabolites secrétés par A. baylyi, dans la souche sauvage (WT) et dans une souche mutante (KO).
 En ordonnées : intensité du signal détecté par spectromètre de masse.
 En abcisses : hydrophobicité des métabolites séparés en HPLC en phase inverse.
 
 

Glossaire :
(1) Profil métabolique : ensemble des molécules métabolisées par un organisme vivant sous certaines conditions environnementales et/ou génétiques.
(2) LC/MS : couplage de la chromatographie en phase liquide et de la spectrométrie de masse.
(3) LC/MS/MS : chromatographie en phase liquide couplée à de la spectrométrie de masse en mode tandem.

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