Acinetobacter baylyi

Les bactéries Gram-négatives du genre Acinetobacter se rangent dans la subdivision gamma des protéobactéries, et plus précisément dans l’embranchement des Moraxellacées. Les isolats d’Acinetobacter se caractérisent comme des aérobies stricts non-motiles, hétérotrophes, mésophiles, capables d’utiliser une vaste gamme de substrats carbonés, allant des alcanes aux acides organiques, en particulier aromatiques. Leur constitution chimique dévie peu de celle d’Escherichia coli, hormis l’absence des polyamines putrescine et dérivés, qui sont remplacés par le diaminopropane. La souche Acinetobacter baylyi ADP1 a été obtenue à partir d’un isolat du sol très compétent pour la transformation.

Le génome de la souche Acinetobacter baylyi ADP1 mesure 3 598 621 pb, avec un contenu en G+C de 40,3%. Il a été séquencé au Genoscope à partir de deux banques d’ADN génomique : l’une aux inserts d’environ 3 kb, clonés dans un vecteur dérivé de pcDNA2.1, et l’autre aux inserts de 20 kb, clonés dans un vecteur dérivé de pBeloBAC11. Nous avons séquencé 5,3 équivalents génomiques sur la première banque, et 2,5 équivalents génomiques sur la seconde, avec deux chimies différentes. La profondeur totale est donc de 7,8 X. Les plus grands trous qui demeuraient dans l’assemblage ont été comblés par PCR et sous-clonage. Le travail de finition a livré une séquence sans trous, de qualité « finie ». La validité de l’assemblage a été vérifiée par comparaison du profil de restriction théorique à une carte physique du génome (E.M. Gralton et al. (1997), Microbiology 143 : 1345-1357).

Contact : Valérie Barbe