21 Nov. 2011- Séquençage du génome d’une légumineuse modèle : Medicago truncatula

INRA - CEA - CNRS

La capacité des légumineuses à fixer l’azote atmosphérique est un caractère unique parmi les plantes cultivées. Elle résulte de la symbiose avec des bactéries du sol appelées qui induisent la formation des structures appelées nodosités au niveau des racines de la plante. Ces bactéries produisent une enzyme, la nitrogénase, dont les plantes sont dépourvues et qui permet aux légumineuses de fixer l’azote atmosphérique. En échange, la plante fournit les éléments nutritifs nécessaires au développement des bactéries.

Grâce à une collaboration internationale, les chercheurs de l’Inra ont décrypté la quasi-totalité du génome de Mt. Il comporte 8 chromosomes et la France a réalisé le séquençage des deux bras des chromosomes n°5, soit 45 millions de paires de bases, avec une finition complète. Ces travaux ont révélé qu’une duplication de l’ensemble du génome au moment de l’apparition des légumineuses, il y a environ 60 millions d’années, a joué un rôle majeur dans la formation du génome de Mt en favorisant la mise en place d’un programme génétique permettant une vie symbiotique avec les Rhizobium. En effet, grâce à cette duplication du génome, des gènes impliqués dans une symbiose beaucoup plus ancienne avec des champignons mycorhiziens ont évolué et donné naissance à des gènes impliqués dans la symbiose fixatrice d’azote.

Mt est très proche, d’un point de vue phylogénétique, de la plupart des légumineuses cultivées en Europe comme le pois protéagineux, la féverole, la luzerne ou les trèfles. Il existe une forte conservation de l’ordre dans lequel les gènes sont situés sur les chromosomes de ces espèces (conservation synténique). La connaissance de la séquence du génome de Mt a permis la détermination de l’ordre de la majorité des gènes sur les huit chromosomes. Ainsi, cette connaissance devrait grandement faciliter la localisation des gènes importants chez les légumineuses cultivées. L’amélioration génétique des légumineuses est indispensable pour permettre leur introduction plus fréquente dans les rotations de cultures pour développer des systèmes durables et moins consommateurs d’intrants, en particulier les nitrates, dont la production est coûteuse en énergie.

Les participants au consortium sont notamment : University of Oklahoma, J. Craig Venter Institute, Genoscope (CEA Institut de Genomique), Wellcome Trust Sanger Institute, University of Minnesota, LIPM INRA/CNRS, John Innes Centre, Noble Foundation, University of Wageningen, MIPS, Ghent University, National Center for Genome Resources (NCGR), BIA INRA, CNRGV INRA. Le séquençage des 44 millions de paires de bases qui constituent l’ADN du chromosome 5 de Medicago truncatula a été financé par le projet Européen Grain Legumes (à part égale entre l’EU et GENOSCOPE -Institut de Génomique CEA), par le projet ANR SEQMEDIC, et par l’INRA et le CNRS.

Référence
Nevin D. Young, Frédéric Debellé, Giles E. D. Oldroyd, et al. The Medicago Genome Provides Insight into the Evolution of Rhizobial Symbioses. Nature, 16 novembre 2011, DOI : 10.1038/nature10625