Thèse de Sonda Guermazi

Thèses
Séminaires

27 Fevrier 2008

"Analyse de la diversité moléculaire du microbiome de trois digesteurs anaérobies traitant les boues de stations d’épuration des eaux usées domestiques "
  Sonda Guermazi (mail) a soutenu sa thèse le mercredi 27 février à Evry. Ses travaux ont été effectués au sein de l’équipe « Cloaca maxima » de Denis Le Paslier (mail) et Abdelghani Sghir (mail) .

  La digestion anaérobie est un processus naturel de dégradation de la matière organique réalisé par l’action concertée de plusieurs populations microbiennes. A ce jour, grâce au développement des techniques moléculaires, une avancée significative dans l’appréciation de la diversité de ce monde microbien longtemps ignoré a été réalisée : de nombreuses nouvelles lignées bactériennes et archées ont été ainsi découvertes. Avec le développement des projets de métagénomique, il est maintenant possible d’accéder au génome de ces micro-organismes sans culture préalable. On est alors passé d’une analyse descriptive des populations microbiennes à une analyse fonctionnelle de cette diversité. L’association de ces techniques moléculaires nous a permis de dresser un inventaire des espèces procaryotes présentes dans 2 digesteurs anaérobies des STEP Corbeil et Creil et de comparer ces résultats à ceux déjà obtenus pour le digesteur d’Evry. Les analyses montrent des profils comparables pour Corbeil et Evry mais différents de ceux de Creil. Au sein du domaine Bacteria, les populations dominantes appartiendraient aux divisions des Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteria, et Chloroflexi. Certaines populations minoritaires dans un digesteur deviennent dominantes dans l’autre, comme c’est le cas du digesteur de Corbeil où les Spirochaetes sont plus abondantes. Concernant la population d’archées, nous confirmons la dominance de la nouvelle lignée Arc I détectée dans les digesteurs d’Evry et de Corbeil. Celle ci n’a pas été détectée à Creil où les Methanosarcinales sont plus représentées. La découverte d’une nouvelle division candidate WWE3 par une approche PCR-indépendante prouve que les méthodes basées sur la PCR ne donnent pas une image fidèle de l’écosystème. Une dynamique des populations de procaryotes au sein du digesteur d’Evry a été mise en évidence. L’image de la diversité reste donc difficilement saisissable tant que les conditions opératoires et physico-chimiques de ces digesteurs ne sont pas bien maitrisées. Des analyses à grande échelle avec un séquençage à haut débit deviennent nécessaires afin de mieux cerner cette diversité. L’utilisation de bioréacteurs de laboratoire permettrait de mieux comprendre le processus de la digestion anaérobie et de l’optimiser.