Flavobacterium

Le genre Flavobacterium est le genre-type de la famille des Flavobacteriaceae appartenant au phylum Bacteroidetes [1]. Ce genre recouvre une grande diversité d’espèces bactériennes dont la plupart ont été isolées du sol et d’environnements aquatiques. On y trouve des pathogènes des poissons aux effets désastreux aussi bien que de nombreuses bactéries environnementales.

L’intérêt économique et scientifique pour les pathogènes des poissons a stimulé de nombreux projets de séquençage dans le genre Flavobacterium. L’espèce Flavobacterium psychrophilum est l’agent responsable de la « cold water disease » (CWD) et du « rainbow trout fry syndrom » (RTFS). Ce pathogène constitue une des menaces les plus importantes pour l’élevage des salmonidés [2].

L’annotation du génome complet de F. psychrophilum a été publiée par l’INRA. Ce fut le premier génome complet disponible pour le genre et pour les pathogènes de poissons [3]. L’INRA a aussi utilisé cette séquence pour conduire la première étude de diversité génétique de l’espèce F. psychrophilum fondée sur le séquençage de plusieurs locus [4]. Les génomes de deux autres pathogènes majeurs des poissons, Flavobacterium columnare (Mark Lawrence et coll.) et Flavobacterium branchiophilum (Genoscope and INRA), sont en cours de séquençage. Enfin, la séquence d’un isolat de Flavobacterium johnsoniae, une espèce environnementale qui est probablement aussi un pathogène opportuniste des poissons, est terminée (Mark J. McBride et coll.).

Certainement à cause de leur abondance dans des environnements d’intérêts qui ont été les objets d’intenses campagnes scientifiques visant à récolter de nouvelles espèces, 41 espèces différentes ont déjà été caractérisées dans le genre Flavobacterium [5]. On les trouve dans des milieux souvent extrêmes aussi divers que les glaciers d’altitude, la glace et les sédiments polaires, les sources chaudes et les boues d’épurations. Les bactéries du genre Flavobacterium produisent donc de nombreuses enzymes, dont certaines adaptées au froid, qui pourraient présenter un intérêt biotechnologique.

Références

[1] Cutting a gordian knot : Emended classification and description of the genus Flavobacterium, emended description of the family Flavobacteriaceae, and proposal of Flavobacterium hydatis nom. nov. (basonym, Cytophage aquatilis strohl and tait 1978) Bernardet J-F, Segers P, Vancanneyt M, Berthe F and Vandamme P. International Journal of Systematic Bacteriology. 1996. Vol. 46. Pp. 128-148.

[2] Flavobacterium psychrophilum, cause of Bacterial Cold-Water Disease and Rainbow Trout Fry Syndrome. Cipriano RC, Holt RA. Fish Disease Leaflet No. 86. 2005. United States Dept. of the Interior. U.S. Geological Service, National Fish Health Research Laboratory, Kearneysville, WV.

[3] Complete genome sequence of the fish pathogen Flavobacterium psychrophilum. Duchaud E. et al. Nature Biotechnol. 2007. Vol. 25. Pp. 763—769.

[4] Population structure of the fish-pathogenic bacterium Flavobacterium psychrophilum. Nicolas P, Mondot S, Achaz G and Bouchenot C, Bernardet J-F and Duchaud E . Applied Environmental Microbiology. 2008. Vol. 74. Pp. 3702-3709.

[5] The Genus Flavobacterium. Bernardet J-F and Bowman JP. in The Prokaryotes, a Handbook on the biology of bacteria. 2006. Edn. 3 , Vol. 7 (eds. Dworkin, M. et al.). Pp. 481-531.