Une nouvelle étape en génomique comparative est franchie. Des chercheurs du Genoscope (Centre National de Séquençage) à Evry en France et le Whitehead Institute Center for Genome Research à Cambridge Massachusetts aux Etats Unis, annoncent qu'ils disposent d'une couverture de 6 équivalents génomiques de Tetraodon nigroviridis, poisson dont la longueur du génome est estimée à 380 millions de lettres d'ADN.

Tetraodon est un poisson d'eaux saumâtres, distant de 20 a 30 millions d'années de Fugu rubripes, un autre poisson dont la séquence du génome est annoncée également aujourd'hui par le Joint Genome Institute du Département de l'Énergie des Etats Unis. Ces 2 poissons sont des Vertébrés dont le génome est 8 fois plus compact que celui de l'homme, mais avec le même ensemble de gènes et d'éléments régulateurs. Le séquençage de ces poissons est très important car il permet de faciliter l'identification de gènes humains.

Les séquences de ces deux poissons sont un élément qui s'ajoute à la base de connaissances dont les chercheurs ont besoin pour percer les mystères du génome humain. En effet, la comparaison du génome humain à celui d'autres espèces permet aux chercheurs d'identifier les éléments génétiques conservés pendant l'évolution.

Le niveau de séquences de Tetraodon représente une couverture de 6 équivalents génomiques. C'est à dire que la longueur totale du génome est couverte 6 fois avec des fractions d'ADN chevauchantes.

Les chercheurs du Whitehead et du Genoscope annoncent qu'ils disposent d'une couverture de Tetraodon telle qu'il est désormais possible de réaliser un assemblage, c'est à dire de déterminer l'ordre exact des bases chimiques de l'ADN, A, T, C, G, le long des chromosomes de Tetraodon.

L'utilisation des séquences de Tetraodon est possible en ligne (http://www.genoscope.cns.fr/exofish) par les scientifiques du monde entier pour rechercher des régions conservées au cours de l'évolution (appelées ecores) en utilisant un outil nommé Exofish (Exon Finding by Sequences Homology). C'est une méthode de génomique comparative utilisée pour identifier les gènes et basée sur la recherche de régions similaires entre 2 espèces (humain et poisson). Cet outil a déjà été utilisé pour estimer le nombre de gènes humains.

Il y a 18 mois, une analyse comparant de larges régions de génome humain et du génome de Tetraodon a permis aux chercheurs du Genoscope de proposer la première re-évaluation du nombre de gènes humains. Les chercheurs ont pu montrer que le génome humain contient entre 28000 et 34000 gènes, alors que les anciennes estimations étaient de 50000 à 90000 gènes

L'annonce des séquences de ces 2 poissons représente un progrès important pour le projet du génome humain (Human Genome Project). En effet, cette information ainsi que celles des génomes d'autres espèces donnera aux chercheurs des outils nécessaires pour une meilleure compréhension du génome humain. Cela se traduira à son tour, par des connaissances pratiques permettant de développer des thérapies plus efficaces dans le futur.

Même si la version de travail de la séquence du génome humain récemment publiée nous donne un aperçu du nombre de gènes, les chercheurs devront la comparer aux séquences de plusieurs autres espèces afin de déceler toutes les informations importantes contenues dans le génome humain. Les informations génétiques importantes sont conservées au cours de l'évolution entre les espèces. Mais, d'autres gènes ont pu ne pas être conservés s'ils ne sont pas nécessaires pour la survie dans un nouvel environnement. Les chercheurs ont besoin des séquences provenant d'espèces rapprochées et d'espèces distantes afin de mettre en évidence différents types d'éléments génétiques via des comparaisons de séquences.

A ce jour, les chercheurs ont séquencé le génome de la levure, du vers Nematode, et de la drosophile. Ils sont aussi en train d'achever le séquençage du génome de la souris. Le séquençage d'autres organismes grands et petits sont aussi en cours.

Le génome compact de ces poissons contient essentiellement les mêmes gènes et éléments régulateurs que le génome humain mais avec beaucoup moins d'ADN. Ainsi, les chercheurs disent-ils que la détection des gènes et éléments régulateurs dans le génome de ces poissons sera plus rapide. Et ceci permettra d'identifier des gènes ou des régions analogues dans le génome humain.

Plus d'informations sont disponibles à www.genoscope.cns.fr/tetraodon.

Contact :

• Monique Meugnier
  Meugnier@genoscope.cns.fr
  GENOSCOPE , Centre National de Sequençage
  2, rue Gaston Cremieux
  CP 5706
  91057 Evry Cedex
  France
  tel: 33 . 1 . 60 . 87 . 25 . 02
  fax : 33 . 1. 60 . 87 . 25 . 32